A EDUFMA foi criada 28 de junho de 1988 pelo Reitor José Maria Cabral Marques, através da RESOLUÇÃO Nº 1011/88 – CD. Nesse período a EDUFMA ficou ligada à Coordenadoria dos Órgãos Suplementares, CORSUP. O Regimento Interno foi criado pelo Reitor Othon de Carvalho Bastos, através da RESOLUÇÃO Nº 15 – CONSAD, de 05 de fevereiro de 2002. Em 24 de novembro de 2009, o Regimento_Interno foi alterado para melhor funcionamento da editora, pelo Reitor Natalino Salgado Filho, através RESOLUÇÃO Nº 101 – CONSAD. Nessa oportunidade a EDUFMA passa a ser vinculada à Reitoria.
A Politica Editorial foi criada pelo Reitor Natalino Salgado Filho, através da RESOLUÇÃO Nº 129-CONSAD, de 13 de março de 2013. Ainda em 2013 foi criado o Manual do Autor, que tem como objetivo orientar a elaboração e normalização de obras a serem publicadas pela EDUFMA, criando uma identidade para a editora universitária.
Atualmente a EDUFMA é um órgão da Superintendência de Comunicação e Eventos.