A Editora da Universidade Federal do Maranhão (EDUFMA) foi criada 28 de junho de 1988 pelo Reitor José Maria Cabral Marques, por meio da Resolução nº 1011/88 – CD. Nesse período, a EDUFMA esteve ligada à Coordenadoria dos Órgãos Suplementares (CORSUP).
O Regimento Interno foi criado pelo Reitor Othon de Carvalho Bastos, por meio da Resolução nº 15 – CONSAD, de 05 de fevereiro de 2002. Em 24 de novembro de 2009, o Regimento_Interno foi alterado pelo Reitor Natalino Salgado Filho, por meio da Resolução nº 101 – CONSAD. Na oportunidade a EDUFMA passou a ser vinculada à Reitoria.
A Politica Editorial foi criada pelo Reitor Natalino Salgado Filho, por meio da Resolução nº 129-CONSAD, de 13 de março de 2013. Ainda em 2013, foi criado o Manual do Autor, com o objetivo de orientar a elaboração e a normalização das obras a serem publicadas pela EDUFMA, criando, portanto, uma identidade para a Editora.
Atualmente, a EDUFMA está vinculada ao Sistema Integrado de Bibliotecas (SIBi).